특별검사와 특임검사는 특정 의혹 사건에 대해 외부 간섭 없이 독자적으로 수사할 수 있다는 공통점이 있으나 임명주체와 수사범위 등에 상당한 차이가 있다.
특별검사는 ‘이명박대통령의 내곡동 사저부지 매입의혹사건’처럼 국민적 의혹이 제기된 사건의 진상규명을 위해 국회에서 통과시킨 개별 특검법에 따라 임명된다.

특임검사 제도는 ‘스폰서 검사’ 추문이 불거진 직후인 2010년 6월 신설됐으며 같은 해 8월 대검찰청 훈령 제158호 ‘특임검사 운영에 관한 지침’에 근거해 도입됐다. 특임검사는 수사대상에 제한이 없는 특별검사와 달리 검사의 범죄만을 수사 대상으로 하는데 이번이 세번째다.
또 일정 경력 이상의 판사·검사·변호사 중 임명하는 특별검사와는 달리 현직 검사 중 검찰총장이 수사대상 검사의 직위 등을 고려해 한 명을 지명하게 돼 있다.